Als eine fürchterliche Waffe in Sloanes Hände fällt, wendet sich Sydney an den betrogenen und gekränkten Dixon um Hilfe. Da ihr Ex-Partner ihr jedoch jegliche Unterstützung versagt, bleibt ihr nichts anderes übrig, als die Mission auf eigene Faust durchzuführen.
Sydney erfährt, dass Vaughn als Doppelagent unter Beobachtung steht, und Jack und Irina schmieden eine ungleiche Partnerschaft und versuchen, ihre Tochter für immer aus der CIA herauszubekommen.
Während sie noch mit den Nachwirkungen des Verrats ihrer Mutter kämpft, bereitet Sydney sich physisch und psychisch auf ihr nächstes Zusammentreffen vor. Und sie schwört, dass sie beim nächsten Mal nicht zögern würde, Irina auszuschalten.
Als die CIA eine geheime Nachricht abfängt, entdeckt Sydney, dass Neil Caplan Lebensgefahr drohen könnte, und zwar durch jemanden, von dem man es am wenigsten erwarten würde.
Während Dixon versucht, mit dem Tod seiner Frau fertig zu werden, weigert er sich, Urlaub zu nehmen, ehe Sloane vor Gericht steht. Sydney befürchtet jedoch, dass Dixons unterdrückte Wut mehr Schaden anrichtet als alles, was Sloane tun könnte.
Als Francie Will für die undichte Stelle in der CIA verantwortlich machen will, versucht Sydney seinen Namen so schnell wie möglich reinzuwaschen. Und Irina und Sark entdecken auf ihrer Reise um die Welt wie ein Hindernis zur Chance werden kann – mit Sydneys Unterstützung.
In diesem überwältigenden Staffel-Finale, bekommt Sydney Bristow ihre letzte Chance, Arvin Sloane vor Gericht zu bringen – dank der Person, von der sie es zuletzt erwartet hätte: ihrer Mutter. Aber das ist nur der Anfang einer Reihe schwindligmachender Enthüllungen – die in einem atemraubenden offenen Ende gipfeln, das Sydneys Leben für immer verändern soll.