Mittlerweile ist auch eine Einheit des DSR auf das Manuskript aufmerksam geworden. Sie wollen Sydneys Verbindung zu dem Bild auf Seite 47 des Rambaldi-Buchs genauer untersuchen. Nach Vaughns Aussage sind bereits einige Teile des Textes decodiert – sie werden „Die Prophezeiung“ genannt. Jack stellt jedoch fest, dass der Schlüssel zur Decodierung des Textes nicht ausreicht. Der Originalschlüssel befindet sich im Vatikan. Sydney gelingt es, Vaughn zu einem Einbruch zu überreden.
Sydney wurde vom FBI verhaftet und wird nun über ihre Vergangenheit und ihrer Verbindung zu der Rambaldi-Prophezeiung befragt. Vaughn findet eine Möglichkeit, Sydneys Vorherbestimmung zu entkräften. Jack und er verhelfen Sydney zur Flucht und bringen sie nach Italien. Auf dem Weg dorthin gerät Sydney in eine gefährliche Verfolgungsjagd mit der Polizei …
Nachdem Sydney sichergestellt hat, dass sie nicht die Person der Prophezeiung Rambaldis ist, kehrt sie in die USA zurück. Die CIA ist nun auf der Suche nach Sydneys Mutter, Laura Bristow, die laut Untersuchungen bei einem Autounfall ums Leben gekommen ist. Sydney ist nun fest entschlossen, ihre Mutter zu finden. Bei ihrer nächsten Mission trifft sie auf Alexander Khasinau, den ehemaligen KGB-Vorgesetzten von Laura.
Drehbuch: Roberto Orci & Alex Kurtzman Regie: Craig Zisk
Vaughn findet heraus, dass das K-Direktorat einen Auftragskiller – genannt „Der Schneemann“ angeheuert hat, der Khasinau umbringen soll. „Der Schneemann“ wurde zuletzt in Mackay, Australien, gesehen. Sydney und Dixon hängen sich sofort an seine Fersen, um ihn dort aufzuspüren. Bei dem finalen Kampf mit dem Auftragskiller erfährt Sydney mehr, als sie erwartet hätte.
Drehbuch: Jesse Alexander & Jeff Pinkner Regie: Barnet Kellman
Sydney hat einen Plan, wie sie an Khasinau herankommen kann – sie wird versuchen, ihn in eine Falle zu locken. Khasinau will unbedingt die Ampulle mit der Flüssigkeit von Rambaldi. Also wird Sydney ihm anbieten, die Flasche zu kaufen. So hofft sie, mehr über ihre Mutter herauszubekommen. Bei der Übergabe schließlich plant Sydney, die Ampulle gegen eine Fälschung auszutauschen. Der SD-6 gelingt es in der Zwischenzeit, den Aufenthaltsort Khasinaus herauszubekommen. Das Treffen zwischen Sydney und Sark, einem von Khasinaus Männern, wird durch Dixon unterbrochen, der nicht weiß, dass er seiner Partnerin gegenübersteht.
Mit Vaughns Hilfe gelingt Sydney die Flucht vor ihren eigenen SD-6-Leuten. Doch Dixon verfolgt sie und verletzt sie bei einem Kampf am Arm. Sydney ist immer noch verschleiert, weshalb Dixon nicht ahnt, gegen wen er kämpft. Bei ihrer Rückkehr erfährt Sydney, dass Sark festgenommen wurde. Sloane kann ihn sogar dazu überreden, ihnen bei der Jagd auf Khasinau behilflich zu sein. Doch dann entwischt Sark plötzlich. Währenddessen kommt Will SD-6 immer mehr auf die Schliche, so dass er sich mittlerweile in ernsthafter Gefahr befindet.
Drehbuch: Erica Messer & Debra J. Fisher Regie: Ken Olin
Geschlagen und gefoltert liegt Will am Boden. Als er erwacht, wird er von Sark nur schlicht nach dem „Umfang“ gefragt – nichts weiter. Sark schlägt Sydney vor, ihren Freund gegen das Rambaldi-Dokument und die Ampulle auszutauschen. Während Jack die Übergabe durchführt, machen sich Vaughn und Sydney auf die Suche nach dem Rambaldi-Gerät. Ihnen gelingt es, das Gerät zu zerstören. Die Sprengung löst eine riesige Flutwelle aus. Sydney gelingt es gerade noch, durch die Sicherheitstür zu entkommen. Doch Vaughn ist gefangen, während sich der Raum langsam mit Wasser füllt. Sydney versucht ihn noch zu retten – jedoch ohne Erfolg. Als sie sich umdreht, wird sie von Wachmännern niedergeschlagen und zu Khasinaus Boss gebracht, wo sie eine unglaubliche Überraschung erwartet.